עיריית ירושלים הגישה עתירה לבג"צ כנגד שר האוצר משה כחלון ומשרד האוצר. בעתירה נטען כי משרד האוצר אינו מבצע את חובתו בחוק, באמצעות מנהל הדיור הממשלתי במשרד, להעברת כלל יחידות הממשלה הנמצאות כיום מחוץ לבירה, אל ירושלים.
תמונת המצב העגומה מראה כי למעלה מ-163 יחידות הממשלה הממוקמות מחוץ לירושלים, עושות זאת בניגוד לחוק יסוד ירושלים ולהחלטות הממשלה שהתקבלו בנושא. על פי הנתונים המפורטים בעתירה, הנזק הכלכלי העצום הנגרם לירושלים מאי ביצוע החלטת הממשלה נאמד באובדן הכנסות של למעלה מ-2 מיליארד ש"ח לבירה בעשור הקרוב, וכן אובדן של למעלה מ-10,000 משרות ירושלמיות. מבדיקה שערכה עיריית ירושלים עולה כי למעלה מ-100 יחידות ממשלתיות כלל לא ביקשו אישור חריג בעניין וחלקן אינן יושבות בירושלים על אף שבקשתן לאישור חריג נדחתה באופן ברור ונחרץ. כמו כן ביקשה העירייה כי בית המשפט יוציא צו מניעה כנגד משרד האוצר ויורה לו שלא לאשר ולחדש חוזי שכירות חדשים וכל הוצאה למשרדי ממשלה מחוץ לירושלים.
על פי הנטען בעתירה, לא רק שמשרד האוצר בורח מאחריותו להעברת כלל יחידות הממשלה לירושלים, אלא לא פחות מ-8 יחידות השייכות למשרד האוצר עצמו, אינן יושבות בירושלים תוך הפרה בוטה של החוק. כך למשל היחידה הארצית לפיקוח על הבניה באוצר יושבת בתל אביב, יחידת המטה למעברי גבול יבשתיים באוצר יושבת בנתניה, יחידת הפשיעה המאורגנת ויחידת הפירוקים של רשות המיסים באוצר יושבות בלוד, יחידת מלשינון המיסים של האוצר יושבת בתל אביב וכך גם יחידת הביטחון של רשות המיסים באוצר ויחידת חקירות מס הכנסה באוצר. מרבית היחידות באוצר בחרו לעשות דין לעצמם ואפילו לא לפנות בבקשה לקבלת אישור מוועדת החריגים בנושא, כנדרש בחוק. מינהל הדיור באוצר אף אישר חידוש חוזי שכירות ואיתור דיור שלא בתחומי ירושלים, מבלי שביקש את אישורה של וועדת החריגים לכך. יחידות האוצר העבירו לעירייה תירוצים שונים ומשונים ביניהם "העובדים גרים באיזור השרון והצפון", "היחידה קטנה", "אין טעם להעביר את היחידה" ועוד. העירייה מציינת בעתירתה כי "כל הפניות לשר האוצר כחלון בנושא העלו חרס ונותרו ללא כל מענה".
ראש העיר ירושלים ניר ברקת ציין כי "כשאפילו נשיא ארה"ב מכיר בירושלים כבירת ישראל, הגיע הזמן שגם משרד האוצר יכיר בה ויעביר את יחידות הממשלה אליה. הימנעותו של משרד האוצר מקיום החוק להעברת 163 יחידות הממשלה לירושלים פוגעת אנושות בבירת ישראל ויוצרת נזק עצום של אובדן 2 מיליארד ש"ח לכלכלת העיר בעשור הקרוב ופגיעה ב-10,000 משרות שהיו צריכות להיות משרות ירושלמיות. תשלומי הארנונה של משרדי הממשלה היו צריכים לממן יותר חינוך, יותר רווחה ויותר פיתוח תשתיות וניקיון בבירה. חוסנה הכלכלי ומעמדה של ירושלים נפגעים מכך מדי יום. הדבר חשוב שבעתיים כשאנחנו נאבקים להשגת תקציב ראוי לבירה מהאוצר. עתרנו לבג"צ כדי לשים סוף לזלזול בחוק ובקיום החלטות הממשלה. לא נקבל יותר תירוצים. כפי שאמר בן גוריון – למדינת ישראל היתה ותהיה רק בירה אחת – ירושלים הנצחית. כך היה הדבר מלפני 3000 שנה וכך זה יהיה עד סוף כל הדורות".
בעתירה נטען כי "משרד האוצר אינו מציית להחלטות הממשלה ועושה כל שלאל ידו כדי להימנע מהעברת מושבם של היחידות לירושלים, וכל זאת בניגוד מוחלט לחוקי יסוד, להחלטות הממשלה ולהחלטות וועדת החריגים שהוקמו מכוחן והמשרד שם אותן ללעג וקלס. חוקי היסוד והחלטות הממשלה קובעים באופן ברור ונחרץ כי מקום מושבם של היחידות הארציות של משרדי הממשלה יהיה בירושלים. התנהלות האוצר בלתי סבירה וחסרת תום לב באופן קיצוני", עוד צוין בעתירה כי "לא יעלה על הדעת ששר האוצר טרם גיבש תכנית פעולה להוצאת ההחלטה לפועל. העדר פיקוח ומעורבות באופן יישום ההחלטה על ידי השר מהווה זלזול בקיום הוראות חוק יסוד והחלטות ממשלה. נדרש כי שר האוצר יעבור ממילים למעשים, ויקבע באופן מיידי מסגרת תקציבית ומקורות מימון למעבר היחידות, ימצא שטחים זמינים בירושלים לאכלוס היחידות הארציות וייערך למעבר העובדים לירושלים על כל המשתמע מכך"
בשנת 2013 פרסם מבקר המדינה דו"ח חמור אשר תוקף את העיכובים במעבר משרדי הממשלה לירושלים והצביע על "כשלים דרמטיים ביישום החלטות הממשלה בנושא". בשנת 2007 קבעה הממשלה כי יש להשלים את העברת כלל יחידות הממשלה לבירה עד לשנת 2015, ובשנת 2014 דחתה שוב הממשלה את המועד לשנת 2019. אך מבדיקה שערכה העירייה בעתירה עולה כי "משרד האוצר טרם החל בנקיטת הליכים לביצוע מעבר היחידות לירושלים ויישום החלטות הממשלה: עד כה לא הוכנה תכנית מעבר רב שנתית מסודרת עבור היחידות, לא הוכן מיפוי של מספר העובדים בכל יחידה שעתידה לעבור לירושלים והיקפי השטחים הנדרשים, לא הוכנה פרוגרמה תכנונית שתוגש לאישור הדיור הממשלתי ולאגף התקציבים, לא הוכנה תכנית סדורה ומפורטת אשר תכלול את פירוט השטחים הקיימים והמתוכננים, היחידות העתידות לאכלס שטחים אלו, לוחות הזמנים לביצוע המעבר ועלותו, וכן לא מונו נציגים מטעם המשרדים ליישום החלטות הממשלה ופיקוח על ביצועה".
יצויין כי בירושלים קיימים נכסים רבים להשכרה עבור משרדי הממשלה באופן מיידי. בקול קורא שפרסמה הרשות לפיתוח ירושלים התקבלו הצעות להשכרת נכסים עבור משרדי הממשלה בשטח כולל העולה על 200,000 מ"ר. כמו כן, בימים אלו בונה העירייה את רובע העסקים החדש בכניסה לירושלים שיכלול 720,000 מ"ר ב-24 מבנים. "איפה שיש רצון, יש פיתרון" הוסיף ברקת, "כל יחידה שתעבור לירושלים תקבל מאיתנו שטיח אדום וליווי מלא לאיתור הנכסים ולמעבר חלק".
