צה"ל נערך למלחמה נגד תושבי יהודה ושומרון. כך עולה מפקודה של פיקוד המרכז, על היערכות למבצע "ענן אפור". המבצע מוגדר כמבצע צבאי ברמת המטכ"ל עם כל המשמעויות הנוגעות לדבר בהקצאת סדרי כוח וניוד כוחות ברמה הכלל צה"לית. מפקד המבצע הינו מפקד אוגדת יו"ש. הצוותים המקצועיים של הפיקוד, האוגדה והחטיבות המרחביות יעסקו במשימה באופן אינטנסיבי ויום יומי, כאשר עדכון יועבר מידי יום לרמטכ"ל. שלבי הביצוע: שלב א' – שבועיים ראשונים של מיפוי וחלוקת צווי הקפאה. שלב ב' – ביצוע הריסות של מבנים שנבנו בניגוד לצו. סדרי הכוח שהוקצו למבצע הצבאי הזה: כל שוטרי משמר הגבול באזור יהודה ושומרון, וכן מג"ב עוטף ירושלים, החטיבה הלא ערבית בשב"כ, מודיעין משטרתי וקציני ההגנה המרחבית ביהודה ושומרון. כמו כן, ישתתף במבצע גם חיל האוויר. בכל יום תבוצע גיחת צילום על ידי חיל האוויר. כן ישתתפו במשימת הפיקוח מזל"טים (מטוסים זעירים ללא טייס) ומסוקים.
ביצוע המשימה הצבאית של הריסת הבתים יתנהל כך: הישוב בו מבוצעת ההריסה יבודד על ידי חסימות וצווי שטח צבאי סגור שיוכנו מבעוד מועד, במטרה למנוע הגעת תגבורת של תושבים. הבידוד יהיה ל"איזור רחב ככל הניתן". לטובת מניעת אזעקת תגבורת יבוצע מיסוך סלולרי של האיזור. תימנע כניסת צוותי תקשורת לסיקור האירוע. כמו בגירוש היהודים מגוש קטיף, כוחות ההריסה יגיעו בסדרי כוח גדולים "מתוך הבנה שהעוצמה משתקת". במעגל הראשון של ההריסה יוצבו כוחות יס"מ, ימ"מ, פרשים, מג"ב ומשטרה. חיילי צה"ל יוצבו במעגל השני, אך במקרים בהם מתפתח עימות חיילי צה"ל יתערבו בהתאם לצורך עד להשלמת המשימה. מפקדת פיקוד המרכז מנחה את החיילים להיערך גם לאפשרות של שימוש בנשק, למרות שאין מידע קונקרטי על התפתחות מסוג זה. נגד ראשי רשויות מקומיות שיתנגדו לצו, ינקטו סנקציות כגון מניעת היתרים לבנית מבני ציבור.
מדובר צה"ל נמסר בתגובה לפרסום הפקודה כי "כוחות המינהל האזרחי, משטרת ישראל ומשמר הגבול הם שיעמדו מול האזרחים ככל שרק יתאפשר, וזאת על פי המדיניות הנהוגה על ידי צה"ל. 'פקודת המבצע' הינה טיוטה ראשונית שהועברה להתייחסות גורמים באוגדה, בפיקוד ובקרב גורמי ביטחון. טיוטת הפקודה הופצה כחלק מתהליך של עבודת מטה סדורה ובגין אחריותו של צה"ל כריבון בשטחי יהודה ושומרון." עוד מוסיף דובר צה"ל כי "לא מתוכננת פעילות של חיל האוויר בהקשר זה, וכי ככלל גיחות הצילום שמפעיל המינהל האזרחי מתבצעות על ידי מטוסים קלים של חברות אזרחיות הנשכרות על ידי משרד הביטחון."
דובר צה"ל גם מדגיש, כי "חובתו של כל אזרח ואיש ציבור הינה לשמור את צה"ל, מפקדיו וחייליו מחוץ לכל ויכוח פוליטי." בעקבות פרסום "פקודת המבצע" פנה בדחיפות עורך הדין מוטי מינצר מ"הפורום המשפטי למען ארץ ישראל" לבג"ץ, ליתן צו ביניים מוגבל לעצור כל הריסה בהתאם לצו ההקפאה ביהודה ושומרון. עו"ד מינצר טוען כי ההחלטה להרוס את הבתים ניתנה מבלי שהיתה לעותרים נגדו הזדמנות סבירה להשמיע את טיעוניהם בקשר לבניה, מכיוון שטרם הוקמה בפועל ועדת חריגים ומבלי שנקבעה ערכאת ערעור.כזכור, השמיעה אפילו נשיאת בית המשפט דורית בייניש ביקורת קשה כלפי המדינה על שלא נערכה כראוי לפצות את הנפגעים וטרם הקימה ועדות הנדרשות לצורך שמיעת הנפגעים.
