שפירא תחליף את אלחנן הכהן שכיהן בתפקיד בחמש השנים האחרונות. היא תיכנס לתפקיד ב-1 באוקטובר 2009.
בילי שפירא אמרה בתגובה על מינויה: "אני מקבלת עליי את התפקיד מתוך אחריות כבדה ואהבה גדולה למוסד בו אני עובדת כבר למעלה משלושה עשורים. בשבילי זוהי זכות גדולה להיות שותפה להובלת האוניברסיטה העברית כגוף אקדמי מוביל ושוויוני, תוך מתן דגש על עבודה בשיתוף פעולה עם מחויבות עמוקה לשקיפות, הגינות ואחריות".
נשיא האוניברסיטה העברית פרופ' מנחם בן-ששון אמר היום "בחרתי בשפירא לתפקיד של מנכ"ל האוניברסיטה מתוך מועמדים רבים מתוך האוניברסיטה ומחוצה לה. אני סמוך ובטוח שהיא הבחירה המתאימה, יש לה יכולת הובלה ומנהיגות מוכחת. כעובדת שטיפסה במעלה הסולם האוניברסיטאי במשך כמה עשורים אין מי שייטיב ממנה להכיר את האוניברסיטה ולדעת מהם צרכיה ובמיוחד בתקופה הקשה בה שרויה מערכת ההשכלה הגבוהה".
שפירא ילידת 1953, היא בעלת תואר ראשון בלימודים רוסיים וביחסים בינלאומיים ותואר שני במינהל ומדיניות ציבורית מהאוניברסיטה העברית. את דרכה באוניברסיטה החלה ב-1976 כראש מדור לימודים וציונים באגף למינהל תלמידים. במהלך השנים התקדמה במערכת האוניברסיטאית ומילאה תפקידים מגוונים: ראש מדור רישום וקבלה, עוזר רקטור ומנהלת מחלקת כוח אדם.
לתפקידה האחרון כמנהלת האגף למינהל לתלמידים הגיעה ב-2002 לאחר הפיגוע בקפיטריית פרנק סינטרה. בילי שקמה את האגף שעבר טראומה עקב מות שתיים מעובדותיה הבכירות (שאחת מהן הייתה ראש מנהל תלמידים, לוינה שפירא, גיסתה של בילי); העבירה מערכי עבודה רבים לאינטרנט במטרה להגדיל את הנגישות למידע עבור המועמדים והסטודנטים; הקימה את המוקד הטלפוני האוניברסיטאי שנותן מענה לפניות סטודנטים ב-one stop shop, את מרכז המידע לסטודנט ואת מערך הבוגרים.
בין פעילותיה הנוספות: חברה בוועדות של המל"ג והועד המנהל של ועדת הקבע של המרכז הארצי לבחינות ולהערכה, חברה בועדות אוניברסיטאיות שונות, ייצגה את האוניברסיטה בחו"ל, ובנתה מודל הקצאת תקציבים חדש בלשכת הרקטור.
