הפרס על סך 300,000 ₪ שיחולק בין הזוכים, מהווה את מפעל ההנצחה הראשון לשלושת הנערים ויוענק מידי שנה "ביום האחדות", בתאריך 3/6/2015 סביב יום השנה לרצח שלושת הנערים. טקס הענקת הפרס יתקיים בבית הנשיא, במעמד נשיא המדינה, ראש העיר ירושלים, חברי ועדת הפרס ומשפחות שלושת הנערים.
בחירת הזוכים בפרס נעשתה על ידי ועדה ציבורית מיוחדת החברים בה: ראש העיר ירושלים ניר ברקת, שרת החינוך לשעבר פרופ' יולי תמיר , חתן פרס ישראל, הרב יצחק דוד גרוסמן , הרב הראשי לשעבר של בריטניה, לורד זקס, נשיא גשר הרב ד"ר דני טרופר, הזמר והיוצר- קובי אוז, אשת התקשורת אורלי וילנאי, ומשפחות הנערים.
אל ועדת הפרס הוגשו מאות מועמדויות ולאחר תהליך ארוך נבחרו הזוכים, אשר פעלו בצורה מופתית לאורך שנים למען אחדות ישראל, בארץ ובתפוצות. זוכי הפרס, שיוענק זו השנה הראשונה:
רעיה ויוסי אפנר, יזמו את המפעל החינוכי "נפגשים בשביל ישראל" להנצחת בנם סמ"ר אבי, שנהרג באסון המסוקים, ולזכר הנופלים במערכות ישראל ובפיגועי הטרור. המיזם הינו מסע בשביל ישראל מאילת ועד שאר-ישוב. מטרתו העיקרית של המיזם היא העמקת תחושת האחדות בחברה הישראלית, תוך יצירת שיח מקרב בין אנשים שונים, הבאים מגזרים ומרקעים שונים.
הרב נחמיה וילהלם, מנהל את בית חב"ד בבירת תאילנד מזה עשרים שנים, כאשר 100,000 מטילים מבקרים בבית חב"ד מידי שנה. המקום מעניק שירותים חינמיים למטיילים יהודים מישראל והתפוצות כדוגמת ארוחת שבת, פינות מנוחה, עמדות אינטרנט וסיוע ולווי במקרי מצוקה.
תא"ל במיל' רם שמואלי, עוסק בפיתוח מסגרות פעולה המחזקות קידום עתיד משותף לחברה בישראל. פועל לאריגת דרך משותפת תוך יצירת שיתופי פעולה בין ארגונים וגופים חברתיים וחינוכיים בסקטור העסקי והציבורי. פעילויות הארגונים השונים כללו עשרות מפגשים, ולקחו בה חלק כ-150 אלף משתתפים.
הרב חכם דוד מנחם, מנחם עושה שימוש במוסיקה ופיוט כמצע לשילוב של עולמות שונים כדוגמת ההלכה, הציונות ויהדות המזרח. בפועלו מבקש לחבר את התורה לעולם המודרני, וכי בכוחה של המוסיקה שלו ניתן לאחות את השסעים השונים בחברה הישראלית מתוך חיבור של היצירה לטקסט ולמסורת.
יוזם הפרס, ראש העיר ירושלים- ניר ברקת:" זוכי הפרס מגלמים באישיותם ובפועלם את אחדות ישראל. לאחר תקופה לא קלה שעברנו של מתח, וקרעים ושסעים שנפערו בחברה הישראלית, פרס ירושלים לאחדות ישראל בא להנציח את הבנים וזאת באמצעות חיזוק היחד המלכד את כל העם בישראל ועידוד הסובלנות והכבוד ההדדי בין כל חלקי החברה הישראלית."
אילן גאל-דור, מנכ"ל ארגון גשר :"הפרס מהווה הזדמנות מצוינות להוקיר אישים ומיזמים, אשר פועלים במשך כול השנה לקידום הערבות ההדדית בחברה הישראלית. ועל-ידי כך להעצים עשייה חברתית המאחדת את העם, בארץ ובתפוצות, ברוח אותם ימים קשים שחווינו בעת חטיפת שלשות הנערים. אנחנו מקווים שעשיה לטובת חיבורים תהיה נחלת הכלל שאנשים רבים יהיו שותפים בה".
אריק גולדשטיין, מנכ"ל הפדרציה היהודית של ניו-יורק (UJA):"הפדרציה היהודית של ניו יורק שמחה לתמוך ביוזמה החשובה הזאת ומברכת את הזוכים. אנו מצפים לפעול ביחד עם השותפים שלנו כדי לקיים יום אחדות לאומי בלתי נשכח שגם מכבד באופן ראוי את זכרם של אייל, גיל-עד ונפתלי ז"ל. חיזוק הלכידות החברתית בישראל וברחבי העולם היהודי נמצא מזה תקופה ארוכה בראש סדר העדיפויות של הפדרציה, והיוזמה הזאת היא צעד חשוב נוסף בכיוון הזה".